Jean Scot Erigène fait partie de ces auteurs qui ont marqué le monde chrétien par la qualité de leur doctrine, mais aussi par une manière de l'exprimer suffisamment contestable pour attirer sur elle les foudres de l'autorité religieuse. C'est l'ambiguïté de Scot. D'une part, il n'a jamais été l'hérétique, l'agnostique, le panthéiste ou le rationaliste que beaucoup ont cru et croient encore voir en lui. D'autre part, ses écrits contiennent des formulations sujettes à caution, qui légitiment les diverses condamnations portées sur eux ; la plus importante, en ce qui concerne le De divisione naturae, a été prononcée par le Pape Honorius III en 1225.
Il faut voir dans ce genre de dissension une conséquence de l'incompréhension générale de l'harmonie du rapport existant entre les perspectives exotérique et ésotérique dans le christianisme