En 1799, sont encore présents dans les mémoires la guillotine et le souvenir de scènes féroces des répressions personnifiées sous la terreur par les amis de Fouquier-Tinville : Chaudron-Rousseau et Vadier, et en particulier le massacre du séminaire Saint-Firmin d'Ax-les-Thermes du 13 août 1792 où des prêtres réfractaires et des fidèles arrêtés et enfermés dans ce séminaire devenu prison sont frappés et égorgés par des sans-culottes armés de massues, haches et couteaux.
Les royalistes dominent dans les villages et la plupart des petites villes du sud-ouest.
Toulouse, aux mains des révolutionnaires, fait exception ainsi que quelques villes moyennes comme Tarbes.
C'est depuis ces villes qui font figure de places fortes jacobines, où il a concentré ses troupes, que le pouvoir révolutionnaire mène des opérations ponctuelles de répression, dans les campagnes et les villages.
Partout, les populations rurales résistent systématiquement aux mesures de déchristianisation, protègent les prêtres réfractaires.
Des offices sont célébrés dans la clandestinité, ou même publiquement malgré l'opposition des représentants locaux des autorités révolutionnaires.
En de nombreux endroits, les paysans incendient les symboles révolutionnaires, détruisent les arbres de la Liberté.
De violentes insurrections éclatent en août 1799 en Ariège, dans l'Aude, en Haute-Garonne, dans le Gers, le Tarn, le Lot, le Lot-et-Garonne, et allaient s'étendre jusqu'aux portes de Toulouse et faire plus de quatre mille morts.